為了救神谷薰（武井咲 飾）緋村劍心（佐藤健 飾）縱身躍入大海昏迷中他飄到某座小島最終為傳授了他飛天御劍流的師父比古清十郎（福山雅治 飾）所救深感到自身與志志雄真實（藤原龍也 飾）的巨大差距為了拯救全日本劍心懇請師傅傳授他飛天御劍流的最高奧義與此同時志志雄劍指東京邁出武力奪國的下一步他強迫伊藤博文（小澤征悅 飾）對劊子手拔刀齋發布全國通緝令得知消息的薰、左之助（青木崇高 飾）則匆匆向東京趕去再度上路的劍心率先遭到御庭番眾的首領四乃森蒼紫（伊勢谷友介 飾）的阻擊他一路披荊斬棘將迎來與宿命的對手志志雄最終的對決…… 　　本片根據和月伸宏的同名經典漫畫改編