故事發生在戰國時代出生于三流貧窮忍者之家的少年亂太郎（加藤清史郎飾）肩負著父母的期望進入了一流忍者學校——忍術學園——學習該學園最早由天才忍者大川平次渦正（平干二朗飾）創立如今他雖年事已高卻仍然武功高超而且搞怪不斷他更帶領忍者學園與死對頭稗田八方齋（松方弘樹飾）展開了連番激斗忍術學園的學生們被稱為“忍者之蛋”（簡稱“忍蛋”）亂太郎被編入一年葉組（一年は組）在此他結識了富商之子新兵衛（木村風太飾）和父母雙雙陣亡的霧丸（林遼威飾）三個小家伙結成了情深意篤的三人組從此開始了他們充滿補習、重考和各種失敗的快樂學校生活\r　某一天四年葉組出身于理發世家的齊藤鷹丸（溝口琢矢飾）和父親齊藤幸隆（鹿賀丈史飾）在家中遭到刺客萬壽鳥（竹中直人飾）、土壽鳥（石垣佑磨飾）的襲擊原來齊藤父子曾是八方齋麾下毒竹忍者隊的成員雖然早已脫離了這個邪惡的組織但是忍者隊還是緊追不舍誓要取齊藤父子的性命在這危急關頭園長和八方齋約定了一場對決只要忍術學園能夠沖入毒竹山敲響打鳴寺的大鐘忍者隊就徹底放棄齊藤父子正所謂初生牛犢不怕虎一年級的小忍蛋們在高年級生的支持下決定挑戰這個困難而危險的對決一方是初入學園的新生一方是擁有豐富實戰經驗的專業忍者亂太郎他們能否取得最后的勝利呢